Von dem Altarwerk fehlen Mittelstück und Predella. Auch ist nicht sicher, ob die beiden Tafeln nicht in der Höhe verkürzt worden sind, worauf die Reste des Ornamentbogens über Barbara hinzudeuten scheinen. Die Tafeln und wohl auch die heute fehlenden Teile des Altars sind offenbar auf Befehl des ersten evangelischen Bischofs von Naumburg, Nikolaus von Amsorf (1542 – 1546) im Jahre 1544 abgebrochen worden, nur der Bildnisse wegen sind die beiden in den Ostchor versetzten Tafeln einzeln erhalten geblieben.
Der Chronist Johann Zader, dem der Preis des Altarwerkes (eine Tafel so über 500 Gulden gekostet) noch im 17. Jahrhundert bekannt gewesen ist, erwähnt stets nur die Bildnistafeln ohne Nennung des Künstlers. Als Standort überliefert er den Westchor (Alten Chor).
Es dürfte kein Zweifel bestehen, dass der Auftrag für das altarwerk im Zusammenhang mit der Stiftung eines Ehrengedächnisses für Bischof Johannes III. von Schönberg durch seinen Nachfolger Philipp von Wittelsbach am 25. September 1518 gestanden hat (Abschrift der Urkunde im Liber flavus, fol. 50, des Naumburger Domstiftsarchivs). Für Bischof Johannes war die Grabstätte offenbar in der Mitte des Chorquadrats im Westchor eingerichtet. Davon erhalten geblieben ist das durch den Brand von 1532 beschädigte Bruchstück der Bronzeinschrift an einem Pfeiler des Mittelschiffs. Vielleicht sind im Zusammenhang der Auftragserteilung für ein neues Altarretabel einzelne der für den Westchor bereits bestehenden Altarstiftungen zusammengelegt worden. Zumindest lassen die Darstellungen der Heiligen auf den beiden Flügeln eine Verknüpfung des seit dem Jahre 1287 urkundlich belegten Altars der hl. Maria Magdalena mit dem um 1410 von den Dechanten Henning Grope gestifteten Altars der hl. Philipp und Jacobus, Katherina und Barbara vermuten.
Aus den Rechnungen der Stiftsfabrik geht hervor, dass im Jahre 1518 Malerarbeiten im Ostchor und im Westchor ausgeführt worden sind, wobei auch die Stifterfiguren des Westchors ‚renoviert‘ worden sind (Vorbesichtigung dafür am 29. Juni 1518). Es könnte daraus geschlossen werden, dass bereits Bischof Johannes III. von Schönberg mit der Einrichtung des eigenen Grabmonumentes begonnen hatte und nur die Vollendung der Arbeiten seinem Nachfolger Philipp von Wittelsbach überlassen war. Die Anbringung der Bildnisse auf den Flügeln setzt allerdings den Tod Bischof Johanns voraus.
Nur in einem einzigen Vermerk ist Cranachs Name bisher zu finden gewesen: Der reitende Bote des Naumburger Domstifts wird in der Woche nach dem 27. März 1519 dafür entlohnt, dass er Meister Lucas in Wittenberg wegen der Tafel im Westchor des Domes aufgesucht hat.
Kein Mangel besteht an Eintragungen über die Ausgabe für Fuhren und Gerüste, sogar für Eisen, Stifte und ein Schloss im Zusammenhang mit dem Altarwerk. Das Vernichtungswerk des Feuers von 1532 scheint den Altar nicht berührt zu haben, zu schließen ist daraus, dass er sich wohl auf dem Hauptaltar im Chorhaupt befunden hat. Wenn dies zutrifft, müsste das verlorene Mittelteil des Altars in jedem Falle eine Darstellung der Gottesmutter – der Patronin des Westchors – enthalten haben.
Als Mittelbild des Altarwerkes würde sich die große geschnitzte Marienfigur [Kunde 2006, No. I.19] anbieten, wenn nicht die Überlieferung auf deren isolierte Stellung oberhalb des Lettners, also weit weg von der Aufstellung auf dem Altar im Chorhaupt, hindeuten würde.
Wie bei vielen Altarwerken Cranachs fällt der Unterschied zwischen den Innenseiten und den Außenseiten der Flügel auf. Freistehende Heiligenfiguren auf den Außenseiten mit deutlich aufgestellten Attributen, Schwert und Kelch auf dunklem Grund wechseln mit den breit verschwimmenden Gruppen der Innenseiten vor Goldgrund. Das Stehen der Figuren ist im Gedränge der Innenseiten des Werkes gleichsam aufgegeben.
[Schade, Kunde 2006, 135, 136, 137]